尤其是当你只是一味服用左旋肉碱补剂而不做运动使其消耗时，体内堆积过多这种物质会给负责代谢的肝肾徒增负担。其实和所有其他营养补剂一样，过犹不及，即便是维生素C摄入过多也会中毒，这里也是同样的道理。一旦内脏功能退化，不仅会因内脏肥大肿胀而影响体形，而且直接威胁健康问题。一些大量服用药物的健美运动员虽然有着八块腹肌，却还是挺着个大肚子，且头发也因内脏功能有所退化而谢顶或脱发。
此外，人工合成的左旋肉碱补剂对纯度要求非常高，因为它在工业生产中很容易混入右旋肉碱，而后者对人体是有害的，可能导致肌肉萎缩。如果买到没有质量保障、混杂了其他成分的左旋肉碱补剂，你可能就要承担你没有预料到的后果，这也是为什么虽然理论上左旋肉碱没有副作用，但实际上很多人服用补剂之后会有不同程度的不良反应。
常见的包括：影响睡眠，容易兴奋或睡眠很浅；脾气暴躁，且已有临床精神科医生怀疑它对急慢性精神症状有影响——当然，我们暂时也无法判断这影响来自左旋肉碱本身还是补剂中的其他成分。
不管怎样，可供参考的是，左旋肉碱补剂在欧洲是被列为处方药；它在美国虽然随时能买到，但包装和说明中也会提示：“该说明并没有通过美国食品及药物管理局（FDA）的证实”，并且建议谨慎使用。更何况，还有不少服用左旋肉碱后尿检呈氯胺酮假阳性的案例，即类似于吸食毒品，其中的利害你就可以自己分辨了。