新生儿便秘的原因：
1、饮食不足
如果宝宝进食太少，就会导致消化后液体吸收余渣少，从而致大便减少、变稠。另外奶中的糖量若不足时，也会让肠蠕动变弱，使大便干燥。一旦饮食不足时间较久，就会导致宝宝的腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，从而加重便秘。
2、食物成分不当
由于大便的性质和食物的成分关系较为密切，所以当食物中含有大量的蛋白质，而碳水化合物不足时，肠内容的发酵过程就会减少，让大便易呈碱性，干燥；若食物中含较多的碳水化合物，而肠道发酵菌增多时，那么发酵的作用就会增加，大便易呈酸性，次数多而软；如进食大量钙化酪蛋白，那么粪便中就会含多量不能溶解的钙皂，让粪便增多，且易便秘。
3、肠道功能失常
如果宝宝的生活不规律和缺乏按时大便的训练时，就不能形成排便的条件反射，从而导致便秘。另外宝宝营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力、功能失常而导致便秘。
4、体格与生理的异常
如果宝宝肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、甲状腺功能不全、脊柱裂或肿瘤压迫马尾等，都能引起便秘，故应进行肛门指检、下部脊柱和会阴部检查。
5、配方奶粉导致便秘
由于传统的配方奶粉中添加的脂肪酸与母乳中有所差异，故容易形成了沉淀，让宝宝上火，所以若能酸化肠道，就能溶解沉淀，从根本上改善宝宝便秘。